A Santa Casa da Misericórdia de Alcobaça possui um Arquivo Histórico, constituído, essencialmente, pela documentação produzida e recebida pela Misericórdia, desde o século XVI. Este possui algumas centenas de livros de registos e milhares de documentos avulsos, escritos em pergaminho ou em papel, vários deles de grande interesse paleográfico.
Recentemente, a Santa Casa publicou um Guia do Arquivo Histórico da Santa Casa da Misericórdia de Alcobaça, com referência a todas as publicações do mesmo arquivo.
O acesso à documentação é permitido, mediante um pedido prévio de autorização dirigido ao Provedor, devendo a consulta ser realizada durante o normal periodo de expediente.
Salienta-se que quase toda a documentação se encontra já disponivel para a leitura, excepto as peças ainda em fase de tratamento técnico.